Frederikstad er grundlagt i 1567 af Kong Frederik II af Danmark og Norge som en slags genopførelse af Sarpsborg (som var nedbrændt af Svenskerne i forbindelse med den netop overståede krig mellem Danmark-Norge og Sverige). I 1569 blev det nye navn «Fredriksstad» taget i brug efter det gamle «Sarpsborg».

Byens centrum er stadig indrammet af det oprindelige Citadel (Kastel).

Frederikstad ligger ved Europavej E6 mellem Halden og Moss. Drej af ved Sarpsborg.